![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")
https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/InDetAlignment
https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/GlobalChi2Approach
12.0.0でグローバルChi2を動かそうとしたがSCT_ModuleConditionsToolがないとなる。->doMonitoring=True でこれはOK。
Not found DLL InDet::InDetCTBTracking。->above change introduces doTrackSegments=True that means TRT should run -> doTrackSegments part changed
#ref(): File not found: "globalChi.pdf" at page "GeometryAlignment"
アラインメントの状況を強調して表示するツールviewerがある。 この実行はrootで.x align_view.cxx とする。
http://physics.syr.edu/%7Elhcb/public/alignment/LHCAlignmentWorkshop/
InDetDetDscr/InDetReadoutGeometryを通じて変更する。Identifier Searchで引っかかるパッケージをチェックする。
データベースを使ってずれを入れた例はInDetRecExampleの11.0.3の所に残っている。11.2.0のcosmicでもやったはずだが、例が残っていない。Book keepingが不十分だった。
以下の文書は Trk::Trackクラスの解説。
https://uimon.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/TrkTrack
さて、displacement fileの作り方はわかったので、次にこれからresidualをプロットする必要が有る。やり方としては、nominal position のESDファイルを読んで、displacementファイルで測定器の場所をセットしたときの読みのずれをプロットするのをためしてみたい。良くわからないがChi2AlignAlgs.cxxを使ってみた。エラーが出たのでみてみると、作ったdisplacement fileに中身がなかった。
GeoAlignableTransformとはVolumeに付加されるデータで、以下のデータ要素を保持しているもの。最後のvectorで最初のワールド座標へ戻る道筋が示される。
mutable unsigned short int _count;//RCBase.h HepTransform3D _transform; //GeoTransform.h HepTransform3D *_delta;//GeoAlignableTransform.h std::vector<GeoGraphNode *> _parentList;//GeoAlignableTransform.h
GeoAlignableTransformのメソッドにvoid setDelta(const HepTransform3D & Delta)がある。Identifier search で探すとInnerDetector/InDetDetDescr/InDetReadoutGeometry/src/SiDetectorManager.cxxなどで呼ばれる。setAlignableTransformLocalDeltaやsetAlignableTransformGlobalDeltaがよんでいる。これが使われるのはどこでしょう？
Identifier searchで探したが見付からなかった？ということはまだ出来てない？
こうなったらアルゴリズムを作って動かす方がよさそう。ESD解析ということで10.0.2のエド・モイスのtutorialあたりでやってみよう。10.5.0はInDetRecExampleのスクリプトがだいぶ変わっている。
コンパイルエラーが出るのでなおしましょう。
#ref(): File not found: "InDetSoftwareTutorial.h.Hit" at page "GeometryAlignment"
#ref(): File not found: "InDetSoftwareTutorial.cxx.Hit" at page "GeometryAlignment"
#ref(): File not found: "requirementsHit" at page "GeometryAlignment"
元のプログラムのようにHitLoop()をつくって、いくつかの変更の後動いた。結果をlxatlにrsyncし関係者が見れるようにした。printout があるので残差はすぐ出ると思ってたら、コードの上でのTrackPaparametersが純粋仮想クラスであるのに気がつかづまごまごしている。実体化するときにはAtaPlaneクラスになる。なるほどこれがポリモーフィッククラスといわれるわけですね。
RIO_OnTrackつまりヒットデータについての残差分布をとってみた。40muのところに山があるのは何故か良くわからない。lxatlのInDetExample/10.0.4/InnerDetector/InDetExampleをrsyncした。
#ref(): File not found: "stripResidual.eps" at page "GeometryAlignment"
RIO_OnTrackのdumpではclusterとなっているのでhitはクラスターであるにもかかわらず最初のストリップの場所とのによる残差をとったことによるミス。クラスターサイズをとって計算しなおす必要がある。SCT_ClusterOnTrack.hはInnerDetector/InDetRecEvent/InDetRIO_OnTrackにある。結局このデータではストリップの数にアクセスできなかった。ストリップの数が入っているデータを作る必要がある。
考えてみるとInDetRIO_OnTrackクラスはSCT_Clusterクラスをポインターで指しているが、これがrootに書かれたときにどうなるかが良くわからない。結局、reconstructionの時点が解析に最善のときのような気がしてきた。 Tracking/TrkEventTrkEventCnv/CnvToolsがどうもポインターのリカバーをするものらしい。これを動かせば、リカバーが出来るかも。と思ったがソースがないところを見ると出来てないみみたい。ESD解析ツールはまだ出来てないと言うことか。もういちど測定器をずらすのに挑戦しよう。
ESDの段階でずれを入れてもResidualの計算をローカル座標でやっている限り、ずれの効果は見えない。結局reconstructionの時にずらしておかないと、ずれの効果を直接見れない。
10.5.0でInDetRecExampleのjobOptions.pyを変更して、ずれを入れてresidualの図が出るようにした。コードはlxatl:~ryuichi/InDetAlignAlgs/10.5.0にrsyncで入れた。
#ref(): File not found: "residual80umBl2.eps" at page "GeometryAlignment"
#ref(): File not found: "residualNoDisp.eps" at page "GeometryAlignment"
#ref(): File not found: "AlignmentExercise.ppt" at page "GeometryAlignment"
#ref(): File not found: "AlignmentExercise2.ppt" at page "GeometryAlignment"
以前動かしていた時使ったInDetRec_xKalman.pool.rootだとログファイルがどんどん増えるのでキャンセル。
scp lxplus.cern.ch:/afs/cern.ch/atlas/maxidisk/d173/ESD/InDetESD_Zee1of4.root ./
として今使っているらしいファイルを持ってきて、jobOption ファイルを変えるともっともらしいことをやっているようにも見える。でも途中に出てくる90度回したみたいなメッセージはなんのことなのか?いちおう動いたが見方がよくわからない。misalignment file:NominalAlignment.rootの作り方を見るためにInDetAlignAlgs-00-00-40をチェックアウトした。どう作ったかの情報がないので、自分で作った方がよさそう。この説明Wikiが最近できた。パッケージの説明も添付する。levelと言う変数が意味不明。DispModeも不明。
https://uimon.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/InDetAlignHowTo
#ref(): File not found: "InDetAlignWrt.txt" at page "GeometryAlignment"
このほかにInDetAlignAlgsのREADMEによさそうなコメントが有ったのでためしてみた。システマティックにrphi方向に80μｍだけB5を移動してみた。InDetRecExampleを使う。InDetAlignAlgs/example/alignjobOptions.pyを実行してみている。
InDetAlignWrt INFO InDetAlignWrt::initialize() called ToolSvc ERROR Factory for Tool InDetAlignDBTool not found InDetAlignWrt FATAL InDetAlignDBTool not found AthenaEventLoopMgr ERROR Unable to initialize Algorithm: InDetAlignWrt AthenaEventLoopMgr ERROR Failed to initialize base class MinimalEventLoopMgr ServiceManager ERROR Unable to initialize Service: AthenaEventLoopMgr ApplicationMgr FATAL Invalid initial state Appl icationMgr INFO Application Manager Terminated successfully
writeDBS.pyを見ると少し違っているので修正したらいちおう正常終了した。このファイルを使ってChi2Alignを動かすとわかりやすいのではないか？
#ref(): File not found: "alignjobOptions.py" at page "GeometryAlignment"
#ref(): File not found: "takaWritePool.py" at page "GeometryAlignment"
上のファイルのwriteはTrueでないとだめ。プログラムの中身を読まないとフラグ設定は出来ない。streamも変更しないとダメ。10.5.0で中身のあるrootファイルが出来たので、ESD解析も10.5.0に移行する。 ずれのrootファイルデータ作成はToolSvc.InDetAlignDBToolのINFOをみてチェックできる。今のところずれのファイルがまともでない。
ずれが思ったように入ったrootファイルが出来た。layer3の一個ずつのずれ80μｍにするのはDispMode を3にする。出来たファイルはTBrowerでチェックできた。
TFile *file = TFile::Open("NominalAlignment.root")
file->ls()
POOLContainer_AlignableTransform->Scan()
多分defaultのWriteの結果。DispRphi=0.08、DispR=0.1、DispZ=0.1
mkdir SiRobustAlign cd SiRobustAlign; cp ../scratch/105setup.sh ./ . setup.sh; mkdir 10.5.0; cd 10.5.0/ cp ../../scratch/10.5.0/requirements ./ cmt config . setup.sh cmt co -r SiRobustAlign-00-00-23 InnerDetector/InDetAlignment/SiRobustAlign cd InnerDetector/InDetAlignment/SiRobustAlign/*/cmt cmt config; . setup.sh; gmake
CVSのところのREADMEファイル
#ref(): File not found: "SiRobustAlignREADME" at page "GeometryAlignment"
まずEDMを理解する。
https://uimon.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/TrackingEDM
この文書で通常のヘリックスパラメータをペリジーPerigee(Closest approach)と呼んでいる。このパラメータはz軸にヘリックスが最も近付く点を基準に角度パラメータを決める。&mimetex(\(locX, LocY, \phi, \theta, q/p\));の角度定義の意味が良く分らないが、多分測定器基準系に対するその地点での角度だと思われる。(?)トラックパラメータについての文献で私が使っているのは古いCDFノート1790。
そのつぎはMCTruth
https://uimon.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/MCTruthSuggestions
TrkPrepRawData contains the "prepared raw data" (also known as RIOs - Reconstruction Input Objects) for the Tracking EDM.
MCTruthで良く使うのはバーテックスと発生粒子だけ。となるとレッスン２のInDetPriVxCBNTなるコードでバッーテックスのtruthを見ているところを使うことになる。あとは粒子のtruthの取り方を探すことにする。
Generators/GeneratorObjects/GeneratorObjects/ Generators/GenAnalysisTools/TruthExamples
ZmumuにHistSampleを入れてみたが、500イベントで66しかZなし。HepMCを調べることにする。Simulation/HepMCというのもある。
http://mdobbs.home.cern.ch/mdobbs/HepMC/
あとRecExCommon関係もみとかないとけない。
https://uimon.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/ReconstructionDocumentation
RobustAlingmentのChi2AlignAlg.cxxを読むと、const DataVector<Trk::Track>* trks;がヒットの情報を持っているので、これを回してtrackパラメータを調べるのはUK勉強会の例題と同じ。内側のセンサーの座標を基準にしているのは、勘違いではないか？内側センサーの中心のストリップを基準に残差を計算してるようだ。内側を基準座標にするのではなく、アキシャルストリップを持つウエファーとするべきだと思う。レイヤーごとに内側、外側が交互にアキシャルストリップになってる。これはバレルもフォワードも。
http://kkuatx.hep.kyokyo-u.ac.jp/~ryuichi/doxygen/SiRobustAlign/10.1.0/html/index.html
https://uimon.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/TrackingPackageDocumentation
https://uimon.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/UkInnerDetectorSoftwareTutorial
#ref(): File not found: "InDetSoftwareTutorial.cxx" at page "GeometryAlignment"
アラインメントでは自前のデータが必要。そこでIan HinchliffのOpening Pleanayでも10.0.1を使えば全部できるとあるので、10.0.2やってみたら、ESDまでできた。AtlasG4Sim, Digitization, InDetRecExampleに順にできたPool.rootファイルを渡してESDを作る。ほぼOut of Boxでできる。simulationはminbiasでlxplusでは30イベントが限度。物理イベントはバッチでないとだめ。
アラインメントではRoland HaertelがESDからアラインメントをするパッケージを作っている。それは新しいTrk::Trackクラスを使っているので、今後の参考になる。UKで最近将来のDeveloperの卵向けにtutorialをEd Moyseがやったようだ。InnerDetectorのページにWikiのリンクがある。それの2までをLXRで例を探してやってみた。これもESDを使っているようである。プライマリバーテックスを求めて、インパクトパラメータをだしている。添付したのは2.3までの例。
2.4 はそのまま４行コピーすれば動く。でもerrorMatrixの部分はどこからとってくるのか不明。
課題3のピクセルのID helperを取ってくるところで、コンパイルエラーになる。またまたLXRでサーチしたら、
AtlasTest/DetDescrTest/IdDictTest/src/IdDictTest.cxx
というのがあった。これを参考にすればできそう。他にサマリー何とかというのも見ろとなっている。ヘルパーのポインタをクラスのメンバにしたのは失敗。
3.3のb-layerをはずして再フィットするのはコンパイルできた。コンテナクラスvectorとDatavectorの関係を調べよう。多分継承してるんでしょう。 IdHelperのポインターをクラスのメンバーにしてしまったので、前方参照する必要が有る。前方参照は独習C++のp99に説明有り。
#ref(): File not found: "ReFitTrack.cxx" at page "GeometryAlignment"
#ref(): File not found: "ReFitTrack.h" at page "GeometryAlignment"
CVSでは新しいのは10.1.0でSiRobustAlignをするように書いてある。pacmanでathenaをいれた。AtlasG4Simのminbiasは20イベントできた。lxplusではEvtMaxをどう選んでも2004イベントでこける。よくわからないのでdata fileをcastorからコピーしている。中村君のページにやり方が書いてある。とりあえず
[atx13] /home/ryuichi/data/SiRobust > ssh lxplus.cern.ch "rfcat /castor/cern.ch/user/h/haertel/ESD/InDetESD_Zee_4963events.root" > InDetESD_Zee_4963events.root;date
とした。
結局READMEファイルにも或るとおり、2GB以上メモリーがないと動かないようだ。4963イベントを越えても動き続けて、1.2Gを越えた。1.5Gしかメモリーがないので止めた。
どうも1.5倍のイベント数を解析するようなので3000イベントにすると1.2Gぐらいで終わってくれた。plotChi2AlignHistos.cxxを使うと図がたくさん出てくるが、意味がよくわからない。
このほかAtlasG4SimのjobOptions_Geo2G4_Pythia.pyをやって20イベントmin-biasイベントを作ってみた。その後、Digitizationをcoして、DC2となってたのでseg fault. Rome-Initialにしてやりなおし。Digitはできた。
To look at the alignment codes CVS areas, follow the following links: Robust Alignment:
Global Chi2 Alignment:
For the Global Chi2 Alignment, I just freshly added the stuff (the old prototype code is also there in src/proto for archiving). Most of the technical functionalities are tested. But there is still testing needed on the check of numbers, etc...
In particular, the output has not been tested yet, and there is still developement going on for the format of the output, the interaction with the Databases in the future, etc...
So you can run the program on events, produce bigvector/bigmatrix and/or do the solving but as I said the output has not been tested on a reasonable sample. Only detailed intermediate steps debugging has been performed for the ingredients.
I'll prepare some notes about problems I have observed and for which we should be aware.
Cheers,
Adlene.
https://uimon.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/InDetCommissioning
まずhpglのviewerをインストールします。
#ref(): File not found: "hpglview-530_Win95_NT_CERN.zip" at page "GeometryAlignment"
それからEDMSのNavigatorページに飛んで、図面を探します。Atlas Detector->Inner Detector->Semi Conductor Tracker->PBS-Barrel SCT->SCT-Barrels->Barrel 3 のなかに"ATLAS SCT BARREL - MOD ARRANG.B3+BARREL ENDS(TA11?)"というアッセンブリーの図面がありますが、この図面はCDDをクリックし、Visualize Drawingの項目のpre-visualizeをクリックすると見ることができます。
https://edms.cern.ch/cedar/plsql/cedarw.home?cookie=3287703&project=ATLAS
http://natsci.kyokyo-u.ac.jp/~takasima/picture/zpOxford/index.html
アッセンブリーの本家オックスフォード大学のページ
http://www-pnp.physics.ox.ac.uk/~viehhaus
http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/DATABASE/project/calib/
GeoModelではGeoAlignableTransformというのでGeometryの変換行列を作ってやると、あとでそこにDeltaというずれの行列を足せるようだ。ずれを変換行列どの順番のところで入れるのかはよくわからない。HepTransform３DはOpenGLと同様の回転のあと平行移動する4行4列の変換行列。このDeltaを作成するのはInnerDetector/InDetAlignment/InDetAlignAlgsで基本的にIOVSvcのパッケージを使う。MySQLで読めるはずだが、まだ高嶋は成功してない。PoolのデータとしてDeltaを書くのもあるようだがよくわからない。
SUSYの勉強もしないといけないので、東大のlxatlでEvent Generationをしてみた。まずは そのまま動かす。電子３イベント。でも最近はトップのページが元のmacroで動くものに戻っている。このG4AtlasAppsはgeant4をpythonで動かすもので将来のもの。
http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/simulation/geant4/G4AtlasApps/doc/index.html
mkdir -p SimExample/10.0.1 . cmt.sh copy requirements cd SimExample/10.0.1; cmt config; . setup.sh -tag=opt source xxx/AtlasRelease-10-00-01/cmt/setup.sh mkdir run cd run; get_files PDGTABLE.MeV; get_files G4AtlasApps/jobOptions.G4Atlas_Sim.py athena.py jobOptions.G4Atlas_Sim.py >& JO1.log & tail -f JO1.log
このあと、muonにして100イベント作った。これはヒット。Digitizeの時は、DC2とするかRome-Initialとするか選ばないと当然失敗する。
Wikiをたどると、これをやれとなっている。以下の操作でrootファイルができる。
login on lxplus mkdir -p InDetRecExample/10.0.1 source /afs/cern.ch/sw/contrib/CMT/v1r16p20040901/mgr/setup.sh cd InDetRecExample/10.0.1 copy requirement file and set version 10.0.1 cmt config . setup.sh -tag=opt cmt co -r InDetRecExample-00-27-01 InnerDetector/InDetExample/InDetRecExample cd InnerDetector/InDetExample/InDetRecExample/*/cmt cmt config gmake . setup.sh . ../share/POOL_Setup.sh cd ../run get_files -symlink -data PDGTABLE.MeV athena.py jopOptions.py
rootファイルはできたけど、dictionaryがないというエラーがでて読めない。結局ダメでないですか。
mkdir InDetAlignAlgs cd InDetAlignAlgs source /afs/cern.ch/sw/contrib/CMT/v1r16p20040901/mgr/setup.sh mkdir 9.3.0 cd 9.3.0 cp typical requirement to create work area cmt config . setup.sh cmt co -r iPatRecExample-00-19-04 Reconstruction/iPat/iPatRecExample cmt co -r InDetAlignAlgs-00-00-23 InnerDetector/InDetAlignment/InDetAlignAlgs cd Reconstruction/iPat/iPatRecExample/*/cmt cmt config gmake . setup.sh cd ../run cp ../share/* ./ . ../share/iPatSetup.sh
以下は試しに対話的にするとき
athena.py -i jobOptions.py athena> theApp.initialize() athena> theApp.nextEvent() ... athena> theApp.exit()
イベントを走らせてヒストグラムを作るときは
cp jobOptions.py myJobOptions.py Histogram のところを探してコメントを外した後 theApp.initialize() for ievent in range(100): theApp.nextEvent() theApp.exit() をたす。 athena.py myJobOptions.py >& myJobOptions.log & tail -f myJobOptions.log ls *.root root
アラインメントの ntupleをつくるには
myJobOptions.pyのtheApp.initialize()のまえに
include( "InDetAlignAlgs/WriteSiNtuple.py" )
をいれる。
このままだとHbookのものができるので、あとでIDから
バレルのレイヤーをとってきたりする細かいことがやりにくいので
InDetAlignAlgs/shareのWriteSiNtuple.pyのところをRootに変えておく。
今度は500イベントとした。
athena.py myJobOptions.py
できたidalign.rootを手近なところにコピー。
root
TFile *file = TFile::Open("idalign.root")
file.ls()
file.cd("IDAL")
file.ls()
100->MakeClass("IDAL")
別のやりかた
TFile *file = TFile::Open("idalign.root")
TTree *ttree=(TTree*)file->Get("IDAL/100")
ttree->Print()
ttree->MakeClass("IDAL")
とすると、IDAL.h と IDAL.C ができるので詳細な解析が可能となる。
以下のファイルを使ってとりあえずデータを見る。
#ref(): File not found: "idalign.root" at page "GeometryAlignment"
root
.L IDAL.C
IDAL t
t.GetEntry(12) //12 イベント目を見る。
t.Show()
TFile *file = TFile::Open("idalign.root")
TTree *ttreeID=(TTree*)file->Get("IDAL/110") //indexよりmoduleの情報を得る。
ttreeID->GetEntry(1) //index 1のモジュールをさす。
ttreeID->Show() //表示する。
というわけで、どういう風にプログラムを書くかわかったのであとは書くだけ
このntupleの残差はスペースポイントのものでないようだ。これだと意味が良く分らないので、やっぱりwikiを辿っていくと書いてあるInDetRecExampleをためしてみようと思う。 いちおう軸方向から見たイベントを表示するプログラムをMakeClassから作ったものを少し変えて、作った。.q idalint.Cとして、やめるときはCtl-C。intはinteractiveのつもり。TChainというのは、rootファイルが何個もある時に、連続解析するもの、ここではいらないがひとのを真似たので残っている。
#ref(): File not found: "IDAL.h" at page "GeometryAlignment"
#ref(): File not found: "IDALint.C" at page "GeometryAlignment"
#ref(): File not found: "idalint.C" at page "GeometryAlignment"
http://atlas-php.web.cern.ch/atlas-php/DDDB/node_tag_browser.php
http://natsci.kyokyo-u.ac.jp/~takasima/doxy/CLHEP1800/html/index.html
Robust Alignmentは注目するモジュールの位置のみをパラメータとしてカイ２乗の最小化を行うもの。これをすべてのモジュールについて個別に行い、その繰り返しを行ってアライメントする。このプログラムはアテナを使うものではない。このほかに全モジュールの位置と飛跡のパラメータをすべてパラメータとし、一度にカイ２乗の最小化を行ってアラインメントを行う方法も検討されている。
http://natsci.kyokyo-u.ac.jp/~takasima/doxy/SiRobustAlign/html/index.html
ダニエル ヒンソンのページ
