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SLC4のx86_64はcore2duoは無理か?

updateの終頃、running transaction checkでハングするように見えるのはXの関係みたい。しばらくするとXConfigureを開始する。これでうまく行ったのはi386のノート。とするとデスクトップもOK。問題はx86_64がkernel panicを起こしているらしいこと。

Vine4.1にopenoffice

日経のDVDで業務計算機の更新。javaは入ったがOOが失敗。curlが問題。以下を見て再挑戦。

http://mmm-haru.at.webry.info/200612/article_8.html

http://vine.ic.sci.yamaguchi-u.ac.jp/8/msg06384.html

というわけで最初のsynapticを使うやりかたでOKみたい。curlをみつけたみたい。 synapticがなかったのでディスクからrpm -ivh した。

SLC4 note Core2Duoにipw3945

またもや無謀にも無線LANに挑戦。

check kernel version by "uname -a"
yum search ipw3945
yum install kernel-module-ipw3945-2.6.9-42.0.10.EL.cernsmp

firmware関係がいるのではないか?

Core2DuoにSLC4 x86_64をいれる

boot.imgのCDとisoのDVDを用意した。インストールは速いし簡単。再起動後のX起動時に、日本語マイクロソフトキーボード左端のLEDが点滅してハング。電源を長い間押して止めた。もう一度再起動し、GRUBの画面で"e"を押して、起動コマンドを編集する。2行目に移動し、"e"で行の最後に移動して、3を追加して、runlevelを3にする。リターンで編集から抜けて、bで起動する。rootで入って/etc/X11/xorg.confを編集する。コメントを読んでキーボードの設定をしないように1行コメント分をアクティブにする。そのあとstartxで普通にXが起動した。やっぱり最初だからなんかあります。logoutしたらまたハング。キーボードが問題みたい。DNSで名前を間違っていたので、yumが失敗しているのか。yum updateで更新してみる。でもやっぱりキーボード点滅でシステムがハング。あきらめムード。

SLC4は日本語OK

iiim(インプット)とcannaがうごいていればOK。OpenOfficeも日本語OK。切り替えはCtlーSPACE。EUCのtexはplatex,pxdviで利用可能。一応vfontcapはいじった。

### DEFAULT FONT IN TRUETYPE FORMAT
r-default-ttf:\
        :ft=freetype:\
        :ff=/usr/share/fonts/ja/TrueType/kochi-mincho-subst.ttf
# taka  :ff=/usr/X11R6/lib/X11/fonts/TTF/luximr.ttf
default-ttf:\
        :fc=r-default-ttf:
### WADALAB FONT IN TRUETYPE FORMAT
r-gothic-ttf:\
        :ft=freetype:\
        :ff=/usr/share/fonts/ja/TrueType/kochi-gothic-subst.ttf
# taka  :ff=/usr/X11R6/lib/X11/fonts/TTF/luximr.ttf

基本が凍結でないとwikiは危険

不正な宣伝リンクhtmlが添付されるので基本は凍結のものが必要。新規が問題。遊びで新規が出来ると、そこに添付される。宣伝ファイルは全て消した。

83.101.150.115 - - [27/Feb/2007:12:20:39 +0900] "GET /~xxx/pukiwiki/skin/default.ja.css HTTP/1.1" 200 7905 

"http://natsci.kyokyo-u.ac.jp/~xxx/pukiwiki/pukiwiki.php?plugin=attach&pcmd=open&file=061227-1-80.html&refer=%C3%DE%C7%C8%BA%EE%B6%C8%B2%F1" "Mozilla/4.0 (compatible; MSIE 6.0; Windows NT 5.1; SV1; .NET CLR 1.1.4322; InfoPath.2)"

この例は筑波作業会%C3%DE%C7%C8%BA%EE%B6%C8%B2%F1に添付された061227-1-80.htmlにアクセスしたが、そのページはないとリプライされている。結果的に200という成功のフラグが帰り、クエリの結果のバイト数が7905。問題の添付ファイルは消してある。

70.87.62.253 - - [25/Feb/2007:15:19:04 +0900] "GET /~xxx/pukiwiki/pukiwiki.php?plugin=attach&pcmd=open&
file=celexa.html&refer=%C3%DE%C7%C8%BA%EE%B6%C8%B2%F1 HTTP/1.1" 200 1013 

"http://natsci.kyokyo-u.ac.jp/~xxx/pukiwiki/pukiwiki.php?

plugin=attach&pcmd=upload&page=Digitization" "Mozilla/4.0 (compatible; MSIE 6.0; Windows NT 5.1; SV1)"

上の例はcelexa.htmlという宣伝ファイルをattachしようとしているlogか?kkuatxを攻撃し始めたのが70.85だった。この70.85や70.87は怪しい番号。全部ブロックしておくのがよさそう。

192.168.19.55 - xxx [27/Feb/2007:18:50:07 +0900] "POST /~xxx/pukiwiki/pukiwiki.php HTTP/1.1" 200 35859 
"http://natsci.kyokyo-u.ac.jp/~xxx/pukiwiki/pukiwiki.php?
plugin=attach&pcmd=upload&page=News" "Mozilla/5.0 (X11; U; Linux i686; ja-JP; rv:1.7.8) Gecko/20050520 VineLinux/1.7.8-0vl0.2"

ためしにuploadしてみました。pluginがattachでpcmdがuploadが攻撃ですね。

70.87.62.253 - - [25/Feb/2007:04:06:55 +0900] "POST /~xxx/pukiwiki/pukiwiki.php HTTP/1.1" 200 3412 "http://natsci.kyokyo-u.ac.jp/~xxx/pukiwiki/pukiwiki.php?plugin=attach&pcmd=upload&page=Digitization" "Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; en-US; rv:1.8.0.7) Gecko/20060909 Firefox/1.5.0.7"

攻撃に使用している計算機は70.87.62.253です。fd.3e.5746.static.theplanet.com (70.87.62.253)ですね。 変な参照にエラーを返すためにページ名を変更した。66.249.72.65も攻撃用計算機。65.55.212.88も攻撃用。

production revision Kit 12.0.2 installed

2,3日前はGeneric?とか言うところで落ちていたが、今日は最後迄いって、Genericがインストールできないとなっていた。

Ins tallation contains uninstalled packages.  See % pacman -lc.
Package [/afs/cern.ch/12.0.2:am-BNL:Generic:http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/pacman/whole/Generic:12.0.2+KV] not [installed]:
   Package [/afs/cern.ch/12.0.2:am-BNL:Generic:http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/pacman/whole/Generic:12.0.2+KV] has not been installed.  Can't setup.

DBReleaseに標準的なsqliteDBを入れてある。

Early Cosmic production version Kit 12.0.0をインストール

COOLアクセスに問題有。実データ解析ができない。->OK.Database参照。

新しいPCのテスト

今回購入したパソコン工房PCのチップセットがintel D945Gだった。SLC4のインストールはできた。最初のブートに時間がかかったが、ただ待っていればよい。でも1600x1200の垂直レートが60Hzでないので1280x1020しかできない。かな漢字変換も良くわからない。

以下のページはCERNの標準計算機仕様。

http://linux.web.cern.ch/linux/scientific4/hardware/desktops.shtml

http://computinghardware.web.cern.ch/ComputingHardware/DS/80.01.03.003.7.pdf

project のインストールは以下のページ

https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/InstallProject

パッケージの情報はデータベースの機能を使って以下のページから見るようです。

http://atldbdev01.cern.ch:20080/swbrowser/current.html

atx13 のXがおかしくなった

rpm -qa | grep mozilla
エラー: rpmdbNextIterator: skipping h#    1581 Header V3 DSA signature: BAD, key ID 0c98ff9d
mozilla-1.7.12-1.1.3.4

よくわからないのでいれなおしか?

# cd /var/lib/rpm
#rm __db.*
#rpm --rebuilddb

上のようにすると直るともかいてあったが、rpm -qaをするたびに状況が変わる。たぶん実行の前に何かのチェックをしているみたいだが、キーのチェックプログラム自身がおかしいのではないか?

dmesgをみるとなんかおかしいのでマザーボードのマニュアルを再度見た。スロット1、3に同じのを差せとなっている。atx7も1、2だったので1、3にした。atx13はDVDからいれたりしたが、kinitがうまくいかないので、またboot.imgからCDでネットインストール。結局メモリーの差し方だった。

最近のpacman download

11.0.3でも出てたようだが、11.2.0でもでる。

Error copying file [/afs/cern.ch/kits/AtlasDataArea-00-00-02-slc3_ia32-opt.tar.gz] to [/afs/cern.ch/11.2.0/AtlasDataArea-00-00-02-slc3_ia32-opt.tar.gz].

ジオメトリーDBのレプリカに付いて

athena 11.0.0に付いてのレプリカはまだ出来てないが、10.5.0については以下を参照しなさいとのコメントがあった。

https://uimon.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/GeometryDatabaseReplication

kit 11.0.0は正常にダウンロードできた。うえのやりかたで11.0.0でもOKと言う話しもある。

kit installed dvd

kitがはいったDVDiso imageがあるらしい。前にSLCのisoイメージを焼いたのはどの計算機だったのか。SLCのcdrecordでは焼けなかった。結局WindowsのB'sGoldで下の焼くところにiso Fileをドラッグドロップして、左端の書き込みボタンを押したら、ちゃんと展開したものが焼けた。readmeをみるとデータベースもコピーできるみたいだった。やってみよう。

ただこれだと、v-atlasしかうごかない。なぜかシミュレーションはデータベースで失敗するのかダメ。いまはローカルPCでのシミュレーションはpacman3で落とした10.5.0を使っている。

Hi Emil.
I have (perhaps) something that will interest you or perhaps even
the whole group of developers and users.  That's an ISO of an entire
release.  The procedure is take it off the web, unzip it, either mount
it as a filesystem directly or put it onto a DVD first (it's too big
to go onto a CDROM).  
Then one simply has to follow a short procedure documented in
a README.  v-atlas can be run to check some of the functionality.
But in principle all of the functionality of the release is there.
It comes with an sql lite replica of the database, too.
Interested parties (with slc3) can get this from the web:
http://mueller.phyast.pitt.edu/atlas/atlas-software-10.4.1.iso.gz
( ~ 1 Gigabyte)
I believe that if, say, an institute has this on a DVD then it will
be the easiest install ever.  
--Joe.

pacman 3 try again

http://physics.bu.edu/pacman/

export LANG=C
cd pacman-3.12.1
. setup.sh
cd /afs/cern.ch
mkdir 10.4.1; cd 10.4.1
ATLAS=http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/pacman/slc3/cache
pacman -allow bad-tar-filenames -get ${ATLAS}:10.4.1/AtlasRelease-slc3_ia32-opt
...
Unt arring [LCGCMT-LCGCMT_36_2-slc3_ia32-opt.tar.gz]...
Downloading [CMTv1r18p20050901Linux-i686.tar.gz] from [www.cmtsite.org]...
    577/577 kB downloaded...
Untarring [CMTv1r18p20050901Linux-i686.tar.gz]...
Unknown option in Paths [nocheck] must be 'front' or 'back'.
Failed again ---

途中で失敗した後は以下のようにする。pacmanをセットアップした後、

pacman -update
ATLAS=http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/pacman/slc3/cache
pacman -allow bad-tar-filenames -get ${ATLAS}:x.x.x/AtlasRelease-slc3_ia32-opt

Fedora core 4 kernelはアップグレードされた

atrpms.netのドライバーは新しいカーネル2.6.12-1用しかなかった。そこで古いカーネル用のipw2200ドライバーを添付した。

fileipw2200-firmware-2.2-5.at.noarch.rpm
fileipw2200-kmdl-2.6.11-1.1369_FC4-1.0.0-23.rhfc4.at.i686.rpm

日経linux8月号のままの人はこれを使って下さい。yumでkernelをupgradeした人はatrpms.netを使えば好いのではないか?

pdf,psを見るのはevinceと言うアプリケーションになった。日本語も読める。

CERNから大学のimap serverのメールがevolutionで読めなかったのでmozilla-thunderbirdを以下のコマンドで入れたら、メールが読めた。

yum install thunderbird

無線LANが遅かったりエラーが出たり、Xアプリが立ち上がらなかったりする。結局以下のコマンドを実行中.これでkernelが2.6.12-1になりそう。

yum update

なんとこのあと無線ランができなくなり、いまはケーブルをつないで接続している。

Defaultがダメ?またはキーがうまくいってなかった?またはビットレートが0になってた?とにかく回復した。でもbootのときにeth0かeth1が動いてないとwindowが開かなくなって、設定がしにくくなるのはなんとかして欲しい。Ctl-Alt-F2として、ifcfg-eth1でyesに変更した。

SLC3 on Panasonic Y2

SLC3 のカーネルは 2.4. SL4はドライバーが見当たらない。IPW2200があっても動かない。

SL4はもう少し新しいkernelが必要だが、upgradeの仕方がわからなかった。結局Fedora Core4をいれた。

http://atrpms.net/dist/fc4/ipw2200/

ipw2200-firmware-2.2-5.at.noarch.rpm
ipw2200-kmdl-2.6.11-1.1369_FC4-1.0.0-23.rhfc4.at.i686.rpm

を取得しrpm -Uvhした。これでcentrinoの無線LANがlinuxで使えるようになった。

Data のCastorからのコピー

bbftpを使うべきだと言う話があったが、gridFTPと言うのを使えと以下の文書では書いてある。

http://it-dep-fio-ds.web.cern.ch/it-dep-fio-ds/Documentation/userguide.html

rfcpをつかってwild cardが使えるかをためしてみよう。たぶんだめ?

pacman kit

Rome CTB production branch 10.0.1,10.0.2にはAtlasReleaseがなくなってた。(?)10.0.3をインストール中。-> Not installed, pacman3 does not work? error persists, Installing using pacman-2. And completed successfully. But it was 10.0.2 by typing mistake.

filepacman-2.123.tar.gz
Attempt to get [http://www.cmtsite.org/v1r16p20040901/CMTv1r16p20040901.tar.gz] has failed.      Retrying 2/2...
Reading database...
  0    10   20   30   40   50   60   70   80   90   100
  +----+----+----+----+----+----+----+----+----+----+
  ###################################################
Package  [http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/pacman/slc3/cache:10.0.3/AtlasRelease-slc3_ia32-opt]  not [installed]:
Package    [http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/pacman/slc3/cache:dist-10.0.3-slc3_ia32-opt] not [installed]:
Package [http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/pacman/slc3/cache:Gaudi-0.14.6.14-pool201-slc3_ia32-opt] not [installed]:
Package [http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/pacman/slc3/cache:LCGCMT-LCGCMT_33-slc3_ia32-opt] not [installed]:
Package [http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/pacman/slc3/cache:CMTCONFIG-v1r16p20040901-slc3_ia32-opt] not [installed]:
Package [http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/SOFTWARE/OO/pacman/slc3/cache:CMT-v1r16p20040901] not [installed]:
Error during download of [CMTv1r16p20040901.tar.gz] from [www.cmtsite.org].

TV会議トラブル

セッティングが悪かった。

PacmanでAthena10.1.0

なぜかsetup.shができない。改善したのだろうか?updateができるらしいのでやってみよう。Pacman3はあきらめ。2ならOK。たぶんこれもLANGのせい。結局あちこちに"gcc -v | grep version"がはいっていて、日本語になっていると、バージョンがかえってきてコンパイラが入ってないと解釈される。 パックマンが作ってくれたsetup.shを実行後、ワークエリアに次のrequirementsを入れてcmt config; source setup.shでSTAMDALONE環境が出来上がり。pacmanはどこで動かしてもathena環境を入れてくれる。でもソースが入ってないので、cmt coが必要。結局lxplusのアカウントがいる。

macro TestArea  "${PWD}"
#macro cmt_compiler_version gcc323
# Setup the CMT search path
#
path_prepend CMTPATH "$(TestArea)"

#CMT> Warning: apply_tag with empty name [$(cmt_compiler_version)] このメッセージがいつも出る。 LANGが問題。export LANG=Cをセットアプスクリプトに入れる。こんなに簡単に入るのだったら家のパソコンにいれてできそう。

SLC3 iso installer on DVD

17inchiCRTだとanacondaの段階で許容範囲外の周波数を要求するので使えないがSXGA液晶はOK。パソコン工房セナ-ジュ(U8668-D)にSUSEftp版に変えてインスト-ル中。

Xine

いままで使っていたxineはSLC3では動く。vine3.1ではなぜかキーボード関係でコンパイルエラー。

Windowsでroot tex gnuplotは簡単に動く

http://root.cern.ch

URLにあるようにVSC++が無料なので、いれておいて、C:\root4\rootをROOTSYSの環境変数に指定した。 tutorialsヘ移動して.x demo.Cや、.x geodemo.Cが動く。texpointというのも便利。geodemo.Cで使ってるのはGeoModel? Texはインストーラーを使うと全部入る。

filekakuto3_012.zip

この後はlinuxからsjisにnkf -s xxx.tex > xxx-sjis.texで変換する。windowsにコピーしたら、コマンドプロンプトからplatex xxx-sjis.texとする。dvioutで表示する。最初になんか出てくるが、指示に従っていると正しく設定が終わった。

Vine3.0にgnuplotをいれた。

X11もOKになった。XOrg-develが必要。

apt-cache search gnuplot
apt-get install libemf
apt-get install pstoedit
apt-get install gnuplot

gnuplotはSLC3でもX11でいける。rpm -qa | grep X で調べたら、XFree86のままだった。

windowsでは簡単に動いた。以下のページのとおりとってきて設定する。

http://www.math.meiji.ac.jp/~mk/labo/howto/intro-gnuplot/node21.html

rootのコンパイル

sourceをroot.cern.chから取得。./configureでX11がないといわれた。--prefix=/usr/local/rootとかにしておかなかったので/に入ってしまった。

apt-cache search XOrg
apt-get install XOrg-devel
apt-get install XOrg-gl-devel
apt-get install gcc-g77

demo.Cのshapeでハングアップ。3Dモデリングのデモはgeodemo.Cを使う。というわけでかなり使えることが判明した。

Linuxを業務に使うには

業務用とは別の計算機にVine3.0 をインストール。プリンターをlocalでセッティングした。このときも認識しなかったので、parallel#1を指定した。lpr xx.psはこの時点でOK。jdkをインストール。open office1.1.3をインストール。su; ./setup -net; exit cd /opt/OpenOffice.org1.1.3; ./setup 中では全てデフォルト。 印刷文書を開ける。( soffice xx.doc) ツール->オプション->フォントのメニューをあけて、MS 明朝を東風明朝、MS ゴシックを東風ゴシックに全て置換するように指定する。東風明朝はいまいち。できればフォントを購入する。MS 明朝はタイプする。中に入ってないのでメニューにでない。 プリンタの設定で、CUPSで設定したプリンタが見えればOK。でも出てきたのは42%縮小の文書が出てきた。印刷のときオプションを選択して200%にすると良くなった。

いま業務用に使っている計算機はvine2.6.これだとCUPSが入ってないのでOpenOfficeがプリンタを認識しないようだ。そこでVine3.0にアップデートしたがクリーンインストールでないのでTcl/Tkあたりに問題があるようでCUPSが正しく動かない。VineLinuxのページにいちおう説明があるがその手順でもダメ(?)。結局クリーンインストールしかないようだ。POPを使ってるので辛いところ。imapだとメール関係はデータがサーバーにあるのでさわらなくてもよいのだが。結局業務に使うにはVine3.0をクリーンインストールするのが必須。

結局ハードディスクを追加して、クリーンインストールした。フォントはvine2.5CRのものをインストールするとOpenOfficeで自動認識された。

Windowsのファイルがうまく読めないとき(表が問題)はwikiを使って、Officeの入れてあるHepnetの計算機で見るようにした。

castor access

Hi there,
 This is a an update on the suggestion below to use the castor: prefix.
Unfortunately, I didn't test enough to realize that for the prefix to work
TODAY one needs to define an authorization  file in one's home directory:
% cat ~/.rootauthrc
*.cern.ch list 5 0 4
We will have this incorporated into a new version of ROOT in the near future
to avoid the need for    everyone to create this file. But until then, for those
who would like to try this out, you will  need the above file.
We will tell you when this is no longer needed.
         see you, RD

rfio:/castor/cern.ch から castor:/castor/cern.chに変えなさいということらしいです。でも10.0.1でもrfioのまま。(?)

アトラスDC2 データはこちらを見よとのアナウンス

データチャレンジ2


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